同仁医院现有中国工程院院士1名，北京学者3名，长江学者1名，享受政府特殊津贴专家11名，获、北京市突出贡献专家12名。作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务。医院现有学位点28个，其中博士学位点13个。硕士生导师114人，博士生导师41人。拥有15个北京市住院医师培训基地。
改革开放以来，医院共获得省部级以上科技成果奖励138项，其中8项，获得国家自然科学基金资助项目253项。
医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
北京同仁医院眼底专科现有在职主任医师11人，副主任医师14人，是国内规模大、综合实力强的眼底病团队。团队骨干拥有各自明确的临床专长和相关研究方向，在视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、高度近视、黄斑部疾病、眼底肿瘤等多种常见及疑难复杂眼底病的临床领域处于国际前沿。
青光眼科有博士研究生导师一人，硕士研究生导师两人;有正高级职称人员5人，副高级职称人员人9人;青光眼科常年承担首都医科大学及首都医科大学国际学院本科生、研究生、国际学生的临床授课任务;青光眼科每日的平均门诊病人量200-300人次，科室开放床数52张，年手术量超过3000台，青光眼科住院部的床位使用率常年超过，术前平均住院日低于4天，各项医疗指标位居全国前列。其中2/3的患者来自外地，每年培养研究生和进修医生近百名。